Un virus proche de Schmallenberg détecté chez des vaches laitières dans l'Est de la France

Accès libre Mercredi 5 Août 2026 Animaux de rente

Pierre BESSIЀRE

Vétérinaire chercheur à l'Unité mixte de recherche UMR 1225

INRAE-ENVT - Interactions hôtes-agents pathogènes

Épidémiologie

Face à des épisodes associant diarrhée aiguë, fièvre inconstante, abattement et chute parfois importante de la production laitière dans des élevages laitiers dans l'Est de la France, les investigations ont permis de détecter un orthobunyavirus appartenant au sérogroupe Simbu. Il s'agit d'un vaste groupe de virus transmis principalement par des moucherons du genre Culicoides.

Depuis juillet 2026, plusieurs élevages laitiers du Doubs, de l'Ain, de Savoie et de Haute-Savoie rapportent des épisodes associant diarrhée aiguë, fièvre inconstante, abattement et chute parfois importante de la production laitière. Les signes durent généralement quelques jours, puis les animaux récupèrent progressivement.

Des tableaux comparables ont également été signalés en Suisse et en Allemagne.

Les premières investigations ont exploré des causes alimentaires, métaboliques ou liées aux fortes chaleurs, ainsi que plusieurs agents infectieux. Les tests PCR ciblant le virus de Schmallenberg sont restés négatifs.

Face à la multiplication des cas, des prélèvements ont été adressés à la plate-forme de métagénomique clinique METAPATH de l'école vétérinaire de Toulouse.

La métagénomique révèle un virus inattendu

La métagénomique permet de séquencer, sans idée préconçue, l'ensemble du matériel génétique présent dans un prélèvement. Contrairement à une PCR ciblée, qui ne recherche qu'un agent précis, elle peut mettre en évidence un virus inattendu ou suffisamment divergent pour ne pas être reconnu par les tests disponibles.

Cette approche a permis de détecter, dans le plasma de vaches prélevées pendant la phase aiguë, un orthobunyavirus appartenant au sérogroupe Simbu. Il s'agit d'un vaste groupe de virus transmis principalement par des moucherons du genre Culicoides. Plusieurs d'entre eux infectent les ruminants et peuvent provoquer, chez les adultes, des épisodes courts de fièvre, d'abattement et de baisse de production.

Leur principal risque sanitaire concerne toutefois les femelles gestantes, avec la possibilité d'avortements, de mortalité foetale ou de malformations congénitales.

Une lignée Shamonda-like nouvelle ou très peu documentée

Le représentant le plus connu de ce groupe en Europe est le virus de Schmallenberg, apparu en 2011 chez des bovins laitiers présentant fièvre, diarrhée et chute de lait, avant d'être associé à des malformations chez les veaux et les agneaux. Le virus détecté en France en 2026 lui est apparenté, mais il ne s'agit pas d'un virus de Schmallenberg classique.

Les analyses génétiques le rapprochent davantage du virus Shamonda, identifié pour la première fois chez des bovins au Nigeria dans les années 1960, puis retrouvé en Asie et en Afrique.

Le virus français est cependant suffisamment différent des souches connues pour être considéré, à ce stade, comme une lignée Shamonda-like nouvelle ou très peu documentée. Son histoire évolutive semble complexe, ce qui est fréquent chez ces virus, capables d'échanger des portions entières de leur génome lorsqu'ils infectent un même hôte.

Ce que cela implique pour les praticiens

Le lien de causalité entre ce virus et l'ensemble des cas observés reste à confirmer mais sa détection dans le sang d'animaux en phase aiguë en fait une hypothèse forte. Les investigations se poursuivent pour préciser son aire de circulation, sa pathogénicité et ses éventuelles conséquences sur la reproduction.

En pratique, devant un épisode associant fièvre brève, diarrhée, abattement et chute de lait, il est essentiel de prélever tôt, idéalement pendant la phase fébrile et de privilégier les prélèvements sanguins. Une PCR Schmallenberg négative ne permet pas d'exclure un autre virus du groupe Simbu.

Les avortements, mortinatalités ou malformations observés dans les mois à venir devront également être signalés et documentés.

Cette émergence rappelle qu'en matière de diagnostic infectieux, rechercher uniquement les agents déjà connus peut ne pas suffire. Elle souligne aussi l'importance d'une collaboration étroite entre vétérinaires praticiens, laboratoires, chercheurs et services de l'État. ■