Fièvre Q : l'Anses participe à l'analyse génétique de Coxiella burnetii

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L'unité Fièvre Q animale du laboratoire de l'Anses* Sophia Antipolis et le centre national de référence sur la fièvre Q ont participé à une vaste analyse génétique des souches de Coxiella burnetii isolées chez des patients et dans les élevages d'une même zone géographique afin de mieux comprendre les scenarii de transmission et les risques d'exposition, détecter rapidement certaines souches hyper-virulentes ou hyper-disséminables et tracer l'origine d'une épidémie éventuelle. C'est la première étape d'un projet Une seule santé sur cette zoonose.

Le laboratoire de Sophia Antipolis de l'Anses* a participé à une analyse génétique des souches de Coxiella burnetii, responsable de la fièvre Q. « Cette collaboration entre spécialistes de la maladie chez l'animal et l'humain, qui a donné lieu à une publication dans Frontiers in Microbiology en novembre 2022, est la première étape d'un projet Une seule santé sur cette zoonose », a annoncé l'Anses, le 9 janvier.

L'Anses rappelle que la fièvre Q peut se transmettre de l'animal à l'être humain, chez qui elle peut provoquer un syndrome grippal sévère avec possibilité de complications hépatiques ou pulmonaires. Dans de rares cas, la maladie peut devenir persistante et provoquer une endocardite ou un syndrome de fatigue chronique. Les réservoirs principaux de cette zoonose sont les élevages de ruminants. Il s'agit de la principale source d'infection pour l'être humain, la transmission de la fièvre Q entre humains étant exceptionnelle.

Obtention du pangénome

L'étude est le fruit d'une collaboration entre l'unité Fièvre Q animale du laboratoire Anses de Sophia Antipolis, laboratoire de référence au niveau national (LNR) et pour l'Organisation mondiale de la santé animale, et le centre national de référence (CNR) sur la fièvre Q. Le LNR est chargé du volet animal de la fièvre Q et le CNR, du volet humain.

L'Anses a fourni des séquences de génomes entiers de souches de C. burnetii isolées à partir de ruminants, qui ont complété la collection de bactéries issues de patients du CNR. L'Anses indique que ce travail constitue la plus vaste analyse génétique au monde réalisée sur C. burnetii : 75 génomes ont été séquencés, dont 65 nouveaux.

La comparaison des génomes des souches a permis d'obtenir son pangénome (parties du génome communes à toutes les souches). Les chercheurs ont décrypté des parties spécifiques de certaines souches et montré que certaines sont liées à des signes cliniques ou des zones géographiques particulières.

Mieux comprendre les risques de transmission et d'exposition

« Ces travaux sont la première étape d'un projet sur le long terme sur la fièvre Q », explique notre consoeur Elodie Rousset, adjointe au chef de l'unité Fièvre Q animale et responsable du LNR. « Nous avons signé en 2020 une convention avec le CNR pour renforcer l'approche Une seule santé des travaux sur la fièvre Q et recherchons de nouvelles méthodes pour faciliter l'isolement et le séquençage des souches. La bactérie est difficile à isoler et cultiver ».

L'Anses travaille avec l'unité mixte de recherche Épidémiologie des maladies animales et zoonotiques d'Inrae** pour augmenter les collections de souches pour disposer de souches de Coxiella burnetii isolées chez des patients et dans les élevages d'une même zone géographique afin de mieux comprendre les scenarii de transmission et les risques d'exposition, détecter rapidement certaines souches hyper-virulentes ou hyper-disséminables et tracer l'origine d'une épidémie éventuelle.

L'unité Fièvre Q animale participe au projet européen Q-Net-Assess, qui va démarrer avec six autres organismes de six pays. Il vise à développer et partager des méthodologies harmonisées, depuis la collecte de prélèvements sur le terrain jusqu'à l'analyse génétique des souches afin de constituer une base de données épidémiologiques et génétiques des souches de Coxiella burnetii à l'échelle européenne. V.D.

* Anses : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail.

** Inrae : Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement.