Hypothèse d'une contamination humaine par un Sars-CoV-2 du vison en France

Jeanne BRUGÈRE-PICOUX

Membre de l'Académie nationale de médecine et de l'Académie vétérinaire de France

Santé publique

Une surveillance génomique, qui a été intensifiée dès l'été 2020 à l'institut hospitalo-universitaire en maladies infectieuses de Marseille, a permis de décrire les premières souches variantes du Sars-CoV-2 tout en comparant les courbes de mortalité dans 221 pays1.

Dans cette étude, les auteurs ont recherché la source des infections concernant 24 181 patients. Ils ont ainsi permis de montrer que, depuis les premiers cas de Covid-19 à Marseille, il y a eu 16 variants du Sars-CoV-2 identifiés chez 9 788 patients dont sept correspondant à une importation de l'étranger.

Parmi ces variants, les auteurs ont remarqué la souche B.1.160 du Sars-CoV-2 dénommée Marseille 4.

Ce variant du Sars-CoV-2 fut le plus répandu dans la zone géographique de Marseille à partir d'août 2020. Il a été progressivement remplacé à partir de janvier 2021 par le variant Alpha (UK, B.1.1.7) qui l'a dépassé en avril 20212.

Un élevage déclaré infecté en novembre 2020

Or cette souche s'est révélée très proche d'une souche virale qui fut isolée chez le vison en France. Il s'agissait d'un élevage en Eure-et-Loir qui avait été déclaré infecté le 22 novembre 20203 (lire DV n° 1550).

L'abattage de la totalité des 1 000 animaux encore présents dans l'exploitation et l'élimination des produits issus de ces animaux ont été ordonnés. La souche virale isolée à l'époque par l'Anses4 dans cet élevage a été transmise au centre de référence Gisaid en mars 2021 (Gisaid Accession no. EPI_ISL_1392906). C'est pourquoi les auteurs suspectent que la source de l'épidémie due à la lignée Marseille-4 est le vison.

Ils confortent cette hypothèse par l'émergence de cette souche en France en premier lieu dans le département de la Mayenne où l'on a pu observer une augmentation des cas de Covid-19. Or, dans cette région géographique proche de l'Eure-et-Loir où l'élevage de visons a été infecté à la même époque, il existe aussi de nombreux visons à l'état sauvage 5 . ■

1 Colson et al. Analysis of SARS-CoV-2 Variants From 24,181 Patients Exemplifies the Role of Globalization and Zoonosis in Pandemics. Front. Microbiol., 07 February 2022 https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.786233

2 Colson P, Fournier P-E, Chaudet H, Delerce J, Giraud-Gatineau A, Houhamdi L, et al. Analysis of SARS-CoV-2 Variants From 24,181 Patients Exemplifies the Role of Globalization and Zoonosis in Pandemics. Front Microbiol. 7 févr 2022 ; 12 : 786233.

3 Animal, mink, Lithuania, Poland, 1st reports, France, OIE France : 1st COVID-19 outbreak in farmed minks, OIE [Internet]. ProMED-mail. 2020 [cité 14 juill 2021]. Disponible sur : https://promedmail.org/

4  Anses : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail.

5 Fournier P-E, Colson P, Levasseur A, Devaux CA, Gautret P, Bedotto M, et al. Emergence and outcomes of the SARS-CoV-2 Marseille-4' variant. International Journal of Infectious Diseases. mai 2021 ; 106:228-36.